Узнать судьбу Альтаира после событий Assassin’s Creed можно, открыв вместе с ним новую страну и охотясь за членами Ордена Тамплиеров на Кипре, где они скрываются после того, как покинули Святую Землю. Там, на острове, Альтаир находит новых союзников и врагов, помогает местному сопротивлению тамплиерам и выслеживает их руководителей.

В Assassin's Creed: Bloodlines открываются все непонятные моменты, объясняющие связь между Assassin's Creed и Assassin's Creed 2. В этой части герой может перемещаться и залезать повсюду, что раньше было недоступно на PSP, а для того, чтобы получить доступ к эксклюзивным материалам, достаточно подсоединиться к консоли PS3.